背景：
A公司注册资本1000万，两个股东，大股东为甲公司，认缴700万，实缴200万；小股东是自然人李四，认缴300万，实缴100万。A公司为一般纳税人，账上有研发形成的无形资产250万，未分配利润-10万元。
情节：
甲公司目前想把A公司的股权转让给自然人王五，双方商议的价格是200万。
担忧：
甲公司现在有2个担心：一是股权转让，在工商备案里怎么写，是写转让700万，还是写转让200万，写200万的话，公司资本就会减少500万；写700万，实际自己只出资了200万；
二是A公司有无形资产，而且无形资产的占比已经超过A公司总资产的50%，据说税务会对转让股权的单位，涉及到不动产或无形资产占比超过20%的，都会调查股价的合理性。因此担心税务会对A公司的无形资产评估价格过高，带来税务风险。
分析：
1、股权转让，涉及到的工商变更手续，实际有2个文件，一个是“股权转让协议”，一个是“股东会决议”。
“股东会决议”里，只能按照认缴的金额写转让的股份和金额，以保证原有资本1000万和100%的股份构成；“股权转让协议”则是反应实际的转让出资额。所以700万在“股东会决议”里体现，200万在“股权转让协议”里体现，2者没有冲突和矛盾。也许有人质疑，自然人王五出资了200万就享有了70%的股份，而李四出资了100万，才30%股份，李四肯定不愿意。实际上，在《公司法》规定，“受让方受让股权，应视为其已同意承接转让方对公司所负的缴足未缴部分的义务，公司也可以向受让方要求承担缴纳出资的义务，从而保障公司的注册资本充实”，所以王五虽然享有70%的股份，他还有500万认缴的义务。
2、《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十四条规定，被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。因此，在做此股权转让时，最好要找中介机构出具一份评估报告，后面做转让才会安全很多。